Helixio, prestataire de services en bioinformatique
Les données génomiques issues de technologies haut débit nécessitent un savoir-faire et des compétences en bioinformatique et analyse de données pour en extraire des informations significatives.
Helixio est un prestataire en génomique et bioinformatique : notre équipe expérimentée vous aidera à interpréter de manière efficace et didactique vos données génomiques.
Toutes les données générées au cours de votre projet sont fournies : séquences brutes, fichiers d’alignement et de résultats pour l’analyse NGS ; fichiers de données brutes, normalisées et résultats finaux pour les technologies microarrays. Les données sont stockées de 2 à 6 mois selon les technologies employées.
Un chef de projet, affecté à votre étude, est disponible pour échanger à chaque étape de l’analyse, y compris après la remise du rapport final.
Nous utilisons des outils bioinformatiques open-source, des applications commerciales et développons nos pipelines internes : nous utilisons la stratégie la plus adaptée à vos données et à vos besoins.
Analyse de données NGS
Différentes étapes sont nécessaires pour extraire les informations pertinentes.
L’analyse primaire inclut le contrôle qualité, le trimming des séquences et la suppression des adaptateurs. Après l’alignement sur le génome de référence, il est possible d’identifier les variations et les réarrangements du génome. Pour les organismes ne disposant pas d’une référence connue et publiée, un assemblage de novo est approprié.
Les reads issus de données RNA-seq permettent notamment la quantification de l’expression des gènes et la mise en évidence des transcrits différentiellement exprimés en fonction d’un paramètre d’étude.
Les étapes listées ci-dessus font partie des workflows standards appliqués à nos services NGS.
Workflow standard pour une étude DNA-seq
Workflow standard pour une étude RNA-seq
Analyse sur-mesure
Helixio propose des solutions standard et personnalisées. Notre équipe peut adapter ses workflows à vos besoins et développer des pipelines spécifiques à votre projet, qui répondent à vos exigences et à vos données. Que ces dernières soient générées ou non par Helixio, nous vous aiderons à les interpréter de la manière la plus pertinente. Alors, n’hésitez pas à nous contacter !